Фонд «Сколково» будет отчитываться за свое внедрение муниципальных средств по каждой программке. Подобные нормы прописаны в проекте постановления правительства, разработанного Минфином.

По новым правилам фонд должен направлять заявку на получение финансирования раз в квартал. Средства будут выделяться лишь на определенные проекты, а контроль над расходами будут производить Минфин и Росфиннадзор.

Сам фонд будет должен отчитываться о достижении заявленных целей и делать прогноз собственных квартальных трат. Сэкономленные средства могут быть потрачены организацией в будущем году. В случае нарушений фонд должен будет возвратить в казну выделенное ранее финансирование. «Сколково» сумеет попросить о дополнительных вливаниях из бюджета после трат 60 процентов уже приобретенных средств.

В текущее время фонд получает муниципальные субсидии, но их предстоящее внедрение находится стопроцентно в ведении управления организации.

Как отметила в номере от 21 октября газета «Ведомости» со ссылкой на замминистра экономического развития Олега Фомичева, новые правила финансирования «Сколково» стали реакцией на расследования Счетной палаты и Следственного комитета (СКР) в связи с тратами в фонде.

В апреле 2013 года СК возбудил уголовные дела в отношении гендиректора таможенно-финансовой компании «Сколково» Владимира Хохлова и главы денежного департамента фонда Кирилла Луговцева. Фонд должен получить из бюджета до 2020 года выше 135 млрд рублей. Выше 90 млрд пойдут на развитие инфраструктуры. Бизнес выделит на развитие «Сколково» 367 млрд рублей. Глава фонда Виктор Вексельберг считает, что организация может отрешиться от экономного финансирования после 2025 года.

Фомичев считает, что ужесточение правил отчетности поможет сделать работу фонда более прозрачной. Весной 2013 года также стало понятно о претензиях управления «Сколково» к депутату Госдумы Илье Пономареву, который читал в фонде курс лекций. Цена договора с Пономаревым сочли завышенной, а в августе трибунал обязал депутата возвратить фонду 2,7 миллиона рублей.«Сколково» действует как частно-государственное партнерство.